1 لجنة تطبيق العقوبات: منشأة على مستوى كل مؤسسة
و يترأسها قاضي تطبيق العقوبات.
مهامها:
• ترتيب و توزيع المحبوسين داخل المؤسسة العقابية.
• متابعة طلبات التوقيف المؤقت لتطبيق العقوبة.
• البث في طلبات الإفراج المشروط و إجازات الخروج.
• دراسة طلبات الوضع في الوسط المفتوح، الحرية النصفية، و الورشات الخارجية.
• متابعة تطبيق برامج إعادة التربية و تفعيلها.
2 المصلحة الخارجية لإعادة الإدماج: وهي مكلفة بتطبيق برامج إعادة الإدماج بالتنسيق مع المصالح و الهيئات العمومية و مؤسسات المجتمع المدني للتكفل بالمحبوسين المفرج عنهم و الموضوعين تحت يد القضاء.
مهامها:
• متابعة وضعية الأشخاص الخاضعين لمختلف الأنظمة و لا سيما الإفراج المشروط و الحرية النصفية و التوقيف المؤقت لتطبيق العقوبة.
• السهر على إستمرارية برامج إعادة الإدماج الإجتماعي للأشخاص المفرج عنهم بناء على طلبهم.
• إتخاذ الإجراءات الخاصة لتسهيل عملية الإدماج الإجتماعي للأشخاص الذين تنوي التكفل بهم.
• تنسيق التعاون مع السلطات القضائية و المصالح الأخرى المختصة للدولة والجماعات المحلية و المؤسسات والهيئات العمومية.